С 1997 Юрий Ляшко был заместителем председателя Государственного комитета РФ по вопросам развития Севера. С 1998 по 1999 год — занимал должность заместителя министра национальной политики РФ. В 1999 году был вновь назначен заместителем председателя восстановленного Госкомсевера, в 2000 году освобожден от этой должности в связи с расформированием ведомства. Позднее был вице-президентом ЮКОСа. Последнее время Юрий Ляшко жил в Москве.
Дата похорон пока неизвестна.
